这个博物馆的建筑竞赛在2004年发布，并于同年九月完成评审。绝大数著名的建筑事务所都提交了他们的方案，因为这次设计既有挑战性又有声望。博斯普鲁斯海峡（Bosphorus） 是一个有着严格建筑保护政策的地方。在博斯普鲁斯立法部门和国家史迹委员会的监管之下，想要在这里建造一个当代建筑，这次竞赛可以说是唯一的机会。先前的海事博物馆在同样的地方仍在使用，它是由不同时期的建筑堆叠组合起来的。它除了拥有如船模型、地图、相片、导航工具、服饰等大量展品，藏品中最震撼的，自然也是最大型的——是40艘奥斯曼帝国苏丹的船，但却在很糟糕的环境下被展出。船舶从45米到10米不等，可追溯到16世纪到20世纪，这可能是世界上类似展览中最吸引人的一个了。于是国家史迹委员会指定，此次设计的任务是为同样的场地提出一个新的展览方案，并同时保护1940年代建的既有建筑。在 Be?ikta? 的场地上建造，一方面博斯普鲁斯地区规定要求与奥斯曼宫殿对齐，这给设计和建造带来了极为有限的空间以及接踵而来的难题。另一方面，场地周围不仅有密集的大都市生活，也有众多史迹围绕，诸如博斯普鲁斯海峡、宫殿、希南清真寺以及巴尔巴罗斯（Barbaros：奥斯曼帝国总督，一度在全地中海地区闻名）的雕像和坟墓，这块场地因此被赋予了很强的象征意义。项目基地有三个立面，其中一个面向旧烟草仓库的现存立面实际上不可见，并且现在被主要地保护。朝向博斯普鲁斯的一面被留作船舶展览馆，我们把大门放在了这面的相反方向上，通过 Dolmabah?e 大道连接到城市和交通路线。最后，在 Be?ikta? 广场的一面，我们设计了庭院，与巴尔巴罗斯雕塑围合。而这样，博物馆的项目就围绕着庭院展开了。从入口开始，建筑立面随着一个螺旋形的流线慢慢展开，最终与角落的既有建筑相结合。

获胜的方案将船舶展馆作为整个展区的高潮，通过一个具有分形特征的界面开放给博斯普鲁斯海峡。考虑到展馆的藏品是永久不变的，设计方案就像一个完美贴合它的“手套”。欲暗示军火库、机库的某些特征，这个方案在类型学上看是很杂糅的。

首先，这是一个独立的空间。在此，纤长的苏丹船舶并肩而立、面对大海，让我们得以见得（奥斯曼帝国的）宏伟舰队和（博物馆的）浩瀚收藏。其次，这是一个被分隔的空间，被再次细分为很窄的条状空间，每个条状空间放置一艘船。这样看起来矛盾的两方面在同一的空间体验下被统一了。结构的设计更加强了这样的体验。属于展馆的延伸空间是由6米高的钢桁架构成的7座桥梁，长度自55米至25米不等。两层的画廊里流动着虚空间和钢桁架交替的韵律，屋顶和立面折射出室内布置的交替变奏，而地面完全没有柱子。通过虚与实的关系处理，空间用一种理性节制的方式开放向天空和大海。就这样，一个“普通”博物馆里理想的密封方盒子，就在此和自然光与景观共和共生。

平面上分形线条的曲折体现了展品的时间顺序和尺度大小，更通过实与虚的转化来强调。每次转化对应一种表面材料的转化：“实体”使用纤维水泥，“虚体”使用铜。整个建筑是从一个浅池中建造起来的，它能将展馆连接到大海中。在 Dolmabah?e 大道的这一面，新建筑的立面边界相比既有建筑进行了退界，在入口前营造了一块公共空间让人们相会、聚集，而不让他们拥挤在狭窄的人行道上。

项目中主要运用的三种材料是沙石、纤维水泥和铜质表层薄面。因为展区的空间维度是源于展品的时间顺序和尺度大小，所以概念着重通过交替的实体和虚体来体现三个空间维度，并用三种材料来表现。

另外，Low E 玻璃系统可以有效防止阳光照射对展品的伤害。